Alle dieptepsychologische scholen nemen het bestaan aan van het onbewuste, en dat doet Jung op een heel eigenzinnige specifieke manier.
Binnen de Freudiaanse context is het onbewuste een soort opbergplaats voor al het ontoelaatbare, het verdrongene. Het Freudiaanse onbewuste -het persoonlijk onbewuste- wordt dus geconstelleerd door inhouden die ooit wel bewust waren, maar als ontoelaatbaar verdrongen werden. Het persoonlijk onbewuste is van dezelfde natuur als de ego-inhouden, waarvan het is afgesplitst, en een censor zorgt ervoor dat de verdrongen inhouden niet of vervormd (cfr de droom) kunnen terugkeren: dit is het Freudiaanse conflictmodel.
Dit conflictmodel werkt aanvankelijk Jungs interesse en enthousiasme, het wordt als vernieuwend en revolutionair geaccepteerd, maar naderhand als te nauw, te éénzijdig en te partieel bevonden.
Naast de onmiskenbare instinctuele pool -de seksuele libido- heeft voor Jung het onbewuste ook een bredere mysterieuze dimensie, die hij moeilijk bevattelijk kan maken, en waarbij hij termen gebruikt als creatief, spiritueel, numineus, collectief onbewuste. In ieder geval krijgt bij hem de libido een veel bredere betekenis: een stuwende kracht, iets ego-vreemd, 'het gans andere', een dimensie die zich zoekt te 'incarneren', te integreren in het bewuste ego. Dat gans andere kan dus totaal nieuw zijn, nooit eerder bewust en kan het ego, dat er zich mee confronteert er zich laat in onderdompelen, revitaliseren in het beste geval, desintegreren in het slechtste. In die confrontatie is de plaats en de rol van het bewuste ego cruciaal.
Deze specifieke dynamiek ontwikkelde Jung niet vanuit theoretiche overwegingen, maar vanuit persoonlijke ervaringen, waardoor hij een bijzondere gevoeligheid en affiniteit ontwikkelde voor die -eerder creatieve- facetten van het onbewuste. Wie hiervan voorbeelden zoekt hoeft maar het 'Septem Sermones', 'Aion', of 'Het Rode Boek' open te slaan.
In dat grote respect voor het onbewuste als potentiële schatkamer, wijkt Jung dus duidelijk af van de glasheldere Freudiaanse visie, glashelder omdat zij geen rekening houdt met dit enigmatische aspect van het onbewuste, weggetoverd onder de noemer 'vloedgolf van het occulte'.
Dat Jung wel rekening hield met dit enigmatisch aspect is één van de redenen waarom zijn oeuvre niet dezelfde heldere coherentie bezit. Het is vrij eenvoudig om er vanuit een strikt wetenschappelijke hoek brandhout van te maken, al was het maar door te verwijzen naar de talrijke onduidelijkheden en tegenspraken die het bevat. Jung zelf was zich hiervan terdege bewust, hij gaat er zich bijna voor verontschuldigen en zijn termen omschrijven als de voorlopig beste benadering, een voorlopige werkhypothese. Zijn termen, schaduw, anima, animus, Zelf, zijn geen vaste concepten maar glijdende, evoluerende omschrijvingen, die een poëtische benadering vergen, maar het de cerebraal ingestelde wetenschapper al na een paar bladzijden danig op de heupen doet krijgen. Een mooi voorbeeld is het archetype, een begrip dat voortdurend wordt herwerkt en bijgeschaafd en dat dan nog moeilijk verstaanbaar blijft. Soms gaat Jung bijna levenslang aarzelen om een begrip te introduceren, bijvoorbeeld het begrip 'synchroniciteit'. Men moet dus niet alleen oog hebben voor wat Jung schrijft, maar ook voor de periode waarin hij het geschreven heeft.
Het was niet Jungs hoofdbekommernis om een school te stichten; zijn beste teksten schreef hij waarschijnlijk hoofdzakelijk alleen voor zichzelf. Zijn poëtische elusieve begrippen vormen precies daardoor een valstrik, vooral voor diegenen die menen zijn ideeën klakkeloos te moeten overnemen, waardoor ze dreigen te verworden tot religieuze Jungfanaten. Jung mag niet gelezen en benaderd worden als de meester Freud of Lacan, maar steeds vanuit een kritische confrontatie en ondervraging. Jung moet niet nagevolgd worden of nagebootst, zijn oeuvre dient gelezen te worden als een soort droom, waarmee men speelt en zich confronteert, en van waaruit een eigen waarheid destilleert. Jung zelf is een tekst die interpretatie behoeft.